Como una de las primeras prioridades identificadas por el Instituto Humboldt, luego de su creación en 1994, fue la necesidad de caracterizar los componentes de biodiversidad presentes en los diversos ecosistemas de Colombia. Desde entonces se conformó con este objetivo y como parte del Programa de Inventarios de Biodiversidad el Grupo de Exploración y Monitoreo Ambiental (GEMA). El Manual ofrece metodologías cuantitativas que caracterizan de manera simultánea componentes de la biodiversidad mediante grupos biológicos indicadores como plantas vasculares, aves e insectos.