Revista seriada del Instituto Humboldt en asocio con el Invemar, el Instituto de Ciencias Naturales (ICN) y el Missouri Botanical Garden, como una estrategia para ampliar la base del conocimiento de uno de los países con mayor diversidad biológica del mundo.

Inicia como una publicación de listados de especies pero en 2005 amplía su espectro temático hacia la sistemática y la biogeografía. En 2010, a propósito del Año Internacional de la Biodiversidad y en pro del conocimiento, la conservación y el uso sostenible de la biodiversidad, se abre a un público más amplio, considerando trabajos inéditos de investigación sobre botánica, zoología, ecología, biología, limnología, pesquerías, conservación, manejo de recursos y uso de la biodiversidad, con buena aceptación por parte de la comunidad científica y académica. En 2013, en asocio con el SiB Colombia y con el apoyo de la GBIF, se institucionaliza la inclusión de Artículos de Datos (Data Papers) en Biota Colombiana.​

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