La misión del Instituto Humboldt es promover, coordinar y realizar investigación que contribuya al conocimiento, la conservación y el uso sostenible de la biodiversidad como un factor de desarrollo y bienestar de la población colombiana. A partir del segundo semestre de 2017 implementa el software Open Journal Systems (OJS) como una solución de código abierto para la gestión y publicación de sus revistas Biota Colombiana y Biodiversidad en la Práctica, con el objetivo de modernizar y agilizar el proceso de publicación al realizar en línea todo el proceso editorial.